При сильно выраженном рефлюксе развивается хроническое воспаление пищевода, так называемый рефлюкс-эзофагит. Играют роль повышенная чувствительность слизистой оболочки пищевода, нарушения функции кардиального (прилежащего к пищеводу) отдела желудка, нарушения моторики всего верхнего отдела желудочно-кишечного тракта.

Основными признаками хронического рефлюкс-эзофагита являются нарушения прохождения пищи по пищеводу, изжога, жжение и саднение, редко - боли за грудиной. Изжога и иногда срыгивание особенно часто возникают при горизонтальном положении и наклоне туловища вперед. Однако чаще больные не предъявляют таких выраженных жалоб, поскольку заболевание протекает стерто.